Der Mechanismus der generativen Vermehrung ist recht komplex

Die generative Vermehrung beruht auf einer geschlechtlichen Fortpflanzung. Es kommt dabei zu einem Austausch von genetischem Material und zu einer Neukombination des Erbgutes. Dabei wird die Hälfte des Erbgutes der Mutter mit der anderen Hälfte des Erbgutes des Vaters zu einem einzigartigen Erbgut verschmolzen. Folglich entstehen einzigartige Individuen. Bei Pflanzen ist das Ergebnis einer Erfolgreichen Befruchtung der Samen welcher umgangssprachlich auch Saat oder Saatgut genannt wird. Im Gegensatz zur vegetativen Vermehrung gleicht kein Individuum dem anderen. Nur bestimmte Eigenschaften tauchen wieder auf, jedoch dann in anderer Kombination mit anderen Eigenschaften.
Die generative Vermehrung beginnt mit der Befruchtung der Eizelle der Mutterpflanze durch den Pollen der Vaterpflanze. Der Grundaufbau einer Blüte ist bei allen Pflanzen gleich. Lediglich einige Variationen unterscheiden die Pflanzen. An die Kelchblätter schließen sich innen die Kronenblätter an. Diese schützen die empfindlichen Staubblätter welche die Pollen die männlichen Blütenorgane tragen. Die darunter liegenden Fruchtblätter setzen sich aus Fruchtknoten, Griffel und Narbe zusammen und stellen die weiblichen Blütenorgane dar.

Bei einer Befruchtung wird der Pollen auf die klebrige Narbe aufgetragen. Anschließend wächst der Pollen mittels eines Keimschlauches durch den Griffel in den Fruchtknoten hinein. Dort findet die Befruchtung der Eizelle durch den Pollen statt. Die Befruchtung kann auf verschiedene Weisen geschehen.

Bei einer Selbstbefruchtung gelangt der eigene Pollen der Pflanze auf die eigene Narbe. Leider kann es durch Selbstbefruchtung zu Inzuchtdepressionen kommen. Das bedeutet, dass die Nachkommen der Elternpflanzen weniger Vital und Wüchsig sind wie die Eltern. Der Prozess der dem zugrunde liegt bewirkt eine gentische Verarmung, wodurch eine Vielzahl von Eigenschaften aus der Population verschwinden kann. Es gibt jedoch auf Pflanzen wie z.B. Tomate oder Raps welche eine Selbstinkompatibilität aufweisen. Das bedeutet, dass der eigene Pollen nicht in der Lage ist die Eizelle im Fruchtknoten zu befruchten bzw. zu erreichen.

Bei einer Fremdbestäubung spielen verschiedene Faktoren eine Rolle. Zum einen kann der Pollen durch Luft und Wind übertragen werden. Hierbei spielt jedoch der Zufall eine sehr große Rolle. Der Pollen muss zufällig zu einer Pflanze fliegen und der Wind muss stark genug sein den Pollen soweit zu tragen. Vielmehr sind es die Insekten wie Bienen und Hummeln welche für die Bestäubung sorgen. Sie steuern die Blüten an und sammeln Pollen und Nektar in ihren Taschen. Fliegen sie nun zu einer neuen Blüte kann der Pollen in den Taschen die Befruchtung mit sich bringen.
In Gärtnereien wird oft Hummelflug zur Züchtung eingesetzt, da die Handbestäubung viel zu aufwendig ist. Nichts Desto trotz können Pflanzen auch per Hand bestäubt werden. Hierbei muss eine Blüte kastriert werden. Das bedeutet, dass nur noch der Griffel und die Narbe von der Blüte übrig bleiben. Im Anschluss wird Pollen der gleichen Pflanze bzw. Gattung auf die Narbe aufgetragen. Nach ein paar Tagen wird eine erfolgreiche Befruchtung durch eine Verdickung des Fruchtknotens deutlich. Um eine Selbstinkompatibilität zu umgehen empfiehlt es sich, die Narbe vor der Befruchtung mit einem Skalpell anzuritzen oder aber mit Natronlauge vorzubehandeln.