Es gibt eine Vielzahl von Wirkstoffgruppen der Fungizide mit unterschiedlicher Wirkungsweise.

Die Pilzbekämpfung mit Hilfe von Fungiziden erfolgt mit Chemikalien welche anorganischer, metallorganische oder Organischer Natur sind. Anorganische Fungizide sind Beispielsweise Kupferhaltige Substanzen wie die Bordeauxbrühe oder Kupferchlorid. Diese kupferhaltigen Fungizide geben Kuper III+-Ionen frei welche die Enzyme in der Pilzspore hemmen und somit den Stoffwechsel der Spore lahmlegen. Dadurch kann keine Keimung erfolgen. Gerade im ökologischen BIO-Anbau sind kupferhaltige Fungizide als einziger Pilzhemmstoff zugelassen. Zu den metallorganischen Fungiziden zählen die stark giftigen Wirkstoffe Quecksilber und Zinnorganika. Beide Substanzen sind heute verboten, da sie mehr Schaden verursachen, als dass sie nutzen zeigen. Organische Fungizide zeigen eine Vielzahl von Wirkstoffen. Diese Gruppe unterscheidet neben den reinen Wirkstoff auch, den Anwendungsort, Anwendungshöhe und Wirkungsweise. Zu den wichtigsten organischen Fungiziden zählen die Azole, Morpholine und Strobilurine. Bei der großen Übersicht der Wirkstoffe, ist es umso wichtiger der Wirkungsweise der einzelnen Chemikalien zu kennen. Nur so ist das Bekämpfen des jeweiligen Pilzes mit den richtigen Chemikalien möglich.

Azole gehören zu der größten und bedeutendsten Fungizidgruppe. Sie lassen sich weiter unterteilen in Benzimidazole, Triazole und Imidazole. Benzimidazole hemmen die Zellteilung des Pilzes. Sie besitzen eine kurative und protektive (vorbeugende) Wirkung. Allerdings kann es bei dieser Gruppe zu einer raschen Resistenzbildung kommen, da sie nur einen Angriffspunkt im Stoffwechsel des Pilzes angreifen. Bekannte noch zugelassene Fungizide sind Beizmittel oder Cercobin. Triazole sind systemische Fungizide und weisen eine protektive, kurative und eradikative (stoppende) Wirkung auf. Der Angriffspunkt ist ein Enzym welches beim Aufbau der pilzlichen Zellwand beteiligt ist. Durch Triazole kommt es zum sogenannten Grün-Effekt. Er bewirkt ein langsameres Abreifen der Blüten, Blätter und Früchte, Somit kann ein Getreidebauer beispielsweise späte und damit größere Körner ernten. Zugelassene Substanzen sind unter anderem Desmel, Prolin, Bayfidan, Capitan und Spyrate. Imidazole wirken teilsystemisch und greifen ebenfalls in den Syntheseweg des Zellwandaufbaus ein. Wichtige Fungizide sind Mirage und der Wirkstoff Imazalil in Beizen.

Morpholine hemmen die Enzyme Reduktase und Isomerase die am Zellwandaufbau beteiligt sind. Es entstehen Löcher und der Pilz läuft und trocknet aus. Wirkstoffe dieser Gruppe sind Fenpropimorph und Fenpropidin.

Strobilurine bilden Wirkstoffdepot in der Wachsschicht der Pflanze. Sie greifen in den Energiegewinnungsprozess der pilzlichen Mitochondrien ein. Zu den Strobilurine gehören die Wirkstoffe Azoxystrobin, Pyraclostrobin, Trifloxistrobin, Dimoxistrobin.

Chinolinebilden auch ein Wirkstoffdepot in der Wachsschicht. Sie besitzen keine kurative Wirkung, zeigen jedoch eine lange Dauerwirkung auf. Fungizide dieser Gruppe sind Fortress.

Pyrimidin bilden ebenfalls wie Chinoline und Strobilurine ein Wirkstoffdepot in der Wachsschicht mit systemischer Wirkung. Sie hemmen die Synthese der Aminosäure Methionin, welche ein elementarer Baustein von Proteinen ist. Pyrimidine zählen somit zu den Proteinhemmern. Ein wichtiger Wirkstoff ist Cyprodinil.

Oxazolidin-Edione bilden auch ein Wirkstoffdepot. Der Angriffspunkt dieser Gruppe ist der Energiestoffwechsel in den Mitochondrien des Pilzes. Somit werden die Keimung und das Wachstum verhindert. Ein wichtiger Wirkstoff dieser Gruppe stellt Famoxadone dar.

Im Biologischen Gartenbau, werden vornehmend auch die Wirkstoffe Silber, als Silberthiosulfat sowie Schwefeloxide und Kupfer zur Pilzprävention eingesetzt.

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